Institut pro sociální inkluzi vznikl z praktických zkušeností a spolupráce s obcemi, kraji a ministerstvy, kterou rozvíjela Agentura pro sociální začleňování Úřadu vlády ČR v letech 2009-2015. Institut založili bývalí zaměstnanci, kteří v létě r. 2015 ukončili svou práci pro Agenturu. Institut pro sociální inkluzi však přizývá ke spolupráci také další praktiky a odborníky, kteří se v ČR i v zahraničí systematicky zabývají sociální inkluzí a veřejnými sociálními politikami.
Institut reaguje na neuspokojivou situaci ve veřejných, a zvláště veřejných sociálních politikách ČR, které mnohdy neodpovídají potřebám občanů. Reaguje na zvyšující se počty lidí, kteří žijí v sociálním vyloučení, často izolováni v tzv. sociálně vyloučených lokalitách. Zvyšují se také počty tzv. chudých pracujících, jejichž legální příjmy nepokrývají základní životní potřeby, např. bydlení. Zdroje a příležitosti nejsou k dispozici zejména pro chudé lidi, obyvatele strukturálně podrozvinutých regionů, pro diskriminované či jinak marginalizované občany.
Institut reaguje na rasistické a nenávistné útoky na menšiny, nejčastěji Romy nebo imigranty, které jsou značnou částí veřejnosti akceptovány a staly se součástí také politické scény. Někteří politici i z tradičních zavedených politických stran si osvojili rasistická a xenofobní prohlášení a většina zbývajících nemá vůli tato obtížná témata veřejnosti fundovaně a jasně vysvětlovat.
Naproti tomu stále více občanských iniciativ, veřejných autorit, ale i starostů a starostek, aktivně vystupuje proti xenofobii a nesnášenlivosti a naopak se podílí na zavádění moderních inkluzivních sociálních politik. Tyto iniciativy Institut podporuje v zájmu rozvoje moderních veřejných politik a soudržné a solidární společnosti.
Institut reaguje také na častou neprofesionalitu v řízení veřejných politik v Česku, nahodilé zásahy státní správy do klíčových systémů, které mají za úkol saturovat potřeby nejchudších a sociálně vyloučených obyvatel. Vedle toho některá města nadále uplatňují politiky vytlačování chudých a sociálně vyloučených lidí mimo město.
To je nadále neudržitelné, protože veřejná správa má poslání sociální problémy řešit funkčními veřejnými politikami, přičemž je zásadní, aby tyto politiky vznikaly v těsné spolupráci volených politiků, úředníků, nezávislých odborníků, zástupců občanského sektoru a veřejnosti, aby byly nastaveny udržitelně, což předpokládá širší společenský i politický konsenzus nad jejich rozvojem a zaváděním.
Za tím účelem působí také Institut s ambicí napomáhat zavádění nejen funkčních veřejných politik, ale také kultury spolupráce politického a byrokratického aparátu, který je má spravovat a rozvíjet.